Sur le territoire de la Rance, du Frémur et de la baie de Beaussais, les principaux enjeux auxquels répond le SAGE sont les suivants :
La Directive Cadre européenne sur l'Eau (DCE) du 23 octobre 2000 fixe aux Etats membres un objectif de non dégradation et d'atteinte du bon état des cours d'eau d'ici à 2015. Le bon état est fondé sur l'évaluation de l'état écologique et chimique de nos cours d'eau. L'état écologique comprend des paramètres physico-chimique et biologiques, dont notamment la diversité et l'abondance des espèces animales (invertébrés et poissons) et végétales présentes dans les rivières.
Le bassin versant de la Rance, du Frémur et de la baie de Beaussais comporte principalement des cours d'eau de qualité moyenne. Nitrates et phosphore sont les paramètres emblématiques de la lutte contre la pollution en Bretagne et sont regardés attentivement en conséquence. Leur concentration varie fortement selon les secteurs du bassin. Concernant les pesticides, les différents points de mesures indiquent une qualité moyenne à mauvaise selon secteurs. La matière organique a évolué d'un indice bon à passable dans les milieux naturels mais gêne la production d'eau potable dans les deux grandes retenues du bassin (Rophémel sur la Rance et Bois Joli sur le Frémur).
Le SAGE Rance Frémur baie de Beaussais vise à améliorer et à maintenir une qualité des eaux répondant aux objectifs de préservation ou de reconquête du bon état des milieux aquatiques (DCE). Il porte une attention particulière à la préservation d'une biodiversité importante et à la protection des captages en eau potable en tentant de lutter efficacement contre les pollutions diffuses. En effet, le périmètre du SAGE englobe quatre retenues d'eau potable dont la retenue de Rophémel qui alimente la ville de Rennes. Un des principaux objectifs du SAGE est d'offrir une eau de bonne qualité aux consommateurs.
Les milieux aquatiques ainsi que les zones humides sont des milieux remarquables qui regorgent d'espèces animales et végétales d'intérêt écologique. Or, on estime que près des 2/3 des zones humides initialement présentes dans le périmètre du SAGE ont été détruites. Seuls 8952Ha de ces écosystèmes sont actuellement recensés, par le biais des inventaires communaux de zones humides, sur les 13300 Ha du périmètre du SAGE.
Par la même, avec une soixantaine d'ouvrages recensés dans son périmètre (données ONEMA)°, la CLE est en train d'identifier les obstacles sur les cours d'eau et d'évalue leurs impacts sur les milieux. Elle pourra, dans le cadre de la révision, encourager les actions en faveur de la restauration de la continuité écologique des cours d'eau, c'est-à-dire la libre circulation des poissons migrateurs le long des cours d'eau
Le SAGE veille donc à la protection de ces milieux aquatiques et de leurs espèces en élaborant des plans de gestion visant à favoriser la biodiversité et le bon fonctionnement des écosystèmes.
Le territoire du SAGE RFBB compte de nombreux lits touristiques principalement situés en aval du bassin versant, ainsi que des ports de pêche et de plaisance sur le littoral. Différentes activités en relation avec l'eau existent sur le bassin versant: la pêche, la conchyliculture, le barrage marémoteur de la Rance, la randonnée, les sports nautiques ou encore la baignade. En amont du bassin versant, l'agriculture domine très largement avec la présence d'élevages porcins et bovins, et de cultures céréalières.
Ces multiples usages peuvent donner lieu à des conflits en cas de manque de concertation entre les acteurs. Le SAGE a été élaboré pour concilier les différents usages de l'eau dans le périmètre du bassin versant c'est-à-dire pour trouver des modes de gestion équilibrée permettant leur développement.
Au cours des années exceptionnellement sèche ou pluvieuses, des problèmes d'étiages et d'inondations liés aux pics de crues apparaissent.
Le territoire du SAGE présente un substrat favorable aux étiages en été. L'étiage apparait lors de sécheresses fortes et prolongées comme celle qui a eu lieu durant l'été 2010. Il est aggravé par des températures élevées et par les pompages. Durant cette période, le milieu voit sa faune aquatique affaiblie (à cause des températures de l'eau élevées, des diminutions en teneur en oxygène…) et les polluants contenus dans l'eau sont plus concentrés. En période d'étiage, le SAGE doit donc veiller à la bonne gestion des usages de l'eau afin d'assurer les débits nécessaires au bon état écologique des milieux.
La seconde composante des aspects quantitatifs de l'eau concerne les crues. Si celles-ci ne constituent pas un enjeu majeur pour l'ensemble du bassin, certains cas d'inondations ont été recensés sur le Linon, la Rance amont et quelques communes de la Rance Faluns au cours des dernières années. Ces problèmes souvent liés à des pics de crues sont vécus de manière douloureuse par les populations.
La CLE, à travers le SAGE, demande aux acteurs d'agir pour avoir de bonnes conditions de débits dans les rivières et ce, afin d'optimiser la gestion quantitative des eaux [Préconisations 61 à 72]. Une gestion équilibrée de la ressource en eau permet d'atténuer les pics de crues et de maitriser les inondations. Elle permet également d'atténuer les étiages en période estivale.